для запуска в локальной системе, я использую REGEDIT.EXE / S "test.reg"
как запустить файл реестра для удаленного реестра.
той же командой или любым другим способом, дайте мне знать.
вы можете использовать psexec для получения удаленной командной строки для выполнения сценария reg:
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897553.aspx