Это уже сделано: http://en.wikipedia.org/wiki/Skype_security
Для его реализации вам понадобится быстрый язык (задержка не более, может быть, 10 миллисекунд, потому что у вас все еще есть задержка сети, чтобы иметь дело), такчто-то вроде C или C ++, может быть, Java, когда используется с JIT.Проверьте Java SE Security Package для простых соединений SSL.
Конечно, простой способ сделать это - просто туннель ssh или VPN.