Возможно, есть файлы настроек проекта Flex, которые не были зафиксированы.Это объясняет, почему вам нужно перестраивать Data / Services каждый раз, когда вы открываете проект.
Кстати, если вы фиксируете файлы настроек проекта, убедитесь, что все пути являются относительными, так что проектнастройки могут быть общими для нескольких разработчиков.
Вы можете найти значение в этой статье Adobe devnet о настройках проекта Flex