В BizTalkMgmtDB есть таблица - BizTalkDBVersion. Если значение v3.6.x, то это BTS2006R2, иначе v3.5.x это BTS2006.
Или вы можете использовать реестр - в HKLM \ SOFTWARE \ Microsoft \ BizTalk Server \ 3.0 есть ProductVersionKey. Опять же, значение v3.6.x говорит нам, что это BTS2006R2.
Примечание. Номера версий представлены в стандартном формате .NET Major.minor.build.revision, а сборка и ревизия определяются SP и накопительными обновлениями.