Кажется, это правильный путь.Вы должны добавить атрибут запроса расширения к вашему построителю CSR:
... generate X500Name name and a SubjectPublicKeInfo spki ...
PKCS10CertificationRequestBuilder p10Builder =
new PKCS10CertificationRequestBuilder(name,spki);
KeyUsage ku = new KeyUsage(KeyUsage.keyCertSign | KeyUsage.cRLSign);
ExtensionsGenerator extgen = new ExtensionsGenerator();
extgen.addExtension(Extension.keyUsage,true,ku);
p10Builder.addAttribute(PKCSObjectIdentifiers.pkcs_9_at_extensionRequest,
extgen.generate());
...set up your signer here ...
PKCS10CertificationRequest csr = p10Builder.build(signer);