Javascript не особенно медленный, но DOM очень медленный.Я думаю, что это то же самое, что и настольный браузер, но увеличенное.Я бы сначала проверил все манипуляции с DOM, если они не могут быть оптимизированы.
Другой вариант - использовать шаблонизатор.Основные манипуляции с DOM выполняются с помощью внедрения innerHTML, что быстро даже на мобильных устройствах.
Мы создали мобильную версию нашего веб-приложения и используем PURE (JS с открытым исходным кодом.lib, которую мы создали) для рендеринга HTML из данных JSON, и это очень отзывчиво.
Мы пошли по HTML5 (не нативно), но я думаю, что генерация HTML может быть выполнена таким же образом, когда она помещена в PhoneGap.