В меню «Проект» проверьте, установлен ли флажок «Автоматически создавать».
Редактировать : Вы проверяли это на Eclipse или в файловом браузере? Иногда Eclipse занимает много времени, чтобы обновить изменения в файловой системе. Принудительно обновите файл, щелкнув правой кнопкой мыши папку bin и выбрав «Обновить» в контекстном меню.
Редактировать : Проверьте путь сборки, попробуйте перенастроить его с нуля. Не знаю, поможет ли это, но кто знает ...