Наблюдение, которое я сделал для этих случаев для меня, заключается в том, что они происходят только во вновь созданных проектах во время того же сеанса Eclipse, в котором я создал проект. После перезапуска Eclipse я больше не вижу проблемы, пока в следующий раз не создам новый проект.
Кто-нибудь еще заметил это по поводу появления для них ошибки?