Если вы устанавливаете из исходного кода, вы теряете простоту использования (вам нужно выполнить процедуру самостоятельно, а не нажимать кнопку для установки), и вам придется разрешать собственные зависимости во многих случаях, тогда как менеджер пакетов сделает это для ты в большинстве случаев. Тем не менее, вы получаете много возможностей конфигурирования (выбирайте версии, где устанавливать, даже изменяйте исходный код).
Кроме того, есть много вещей, которые вы можете получить, только если вы устанавливаете из исходного кода, потому что пакеты не были сделаны (или обновлены), особенно если вы используете один из менее популярных менеджеров пакетов.