Это из-за спецификации в файле. Команда TYPE слишком примитивна, чтобы обнаружить ее, и просто скопирует 3 байта в вывод.
Вы можете изменить кодировку, используемую для файла .sql. Утомительно слишком кстати. Файл + Сохранить как, нажмите стрелку на кнопке Сохранить, Сохранить с кодировкой и выберите текущую кодовую страницу. Как и 1252 для Западной Европы и Америки, это, вероятно, первый в списке. Это то же самое, что вы сделали с Блокнотом.
Остерегайтесь неприятностей, с которыми вы можете столкнуться, если сервер работает с другой кодовой страницей, а ваши сценарии содержат символы с акцентом. Я бы сам написал небольшую утилиту, которая использует Directory.GetFiles и StreamReader / Writer для решения проблемы.