Конечно, вы можете создать переменную окружения, которая будет содержать абсолютный путь к вашему yuicompressor-xyzjar и даже включать имя файла!Тогда это может действовать как заполнитель или text-expander-like-makro.
Так что, если, например, ваша переменная была названа "yuicompressor", вы могли бы вызвать ее вместо того, чтобы всегда вводить полный путь нади снова.
java -jar %yuicompressor% myFile.js -o myFile.min.js --charset utf-8