Я полагаю, что это связано с ограниченными возможностями ООП в PHP4 и с тем, как вам придется передавать значения по ссылке вручную (Foo (& $ foo)); тогда как в PHP5 это делается автоматически.
Если вы используете PHP5, что, вероятно, весьма вероятно, вам нужно пройти через код и вручную удалить все ссылки внутри него.