Использование инструмента командной строки IISReset перезапустит IIS только на локальном компьютере, а не на удаленном сервере, на котором вы публикуете.
Предполагая, что вы публикуете на сервере Windows 2003, я бы посоветовал попробовать чуть менее решительный шаг - остановить и перезапустить IIS AppPool на веб-сайте или в виртуальной папке, в которой работает веб-служба. (Таким образом, вы не переводите все сайты, работающие на целевом сервере, в автономный режим.) Это также предполагает, что веб-служба работает в своем собственном пуле приложений. В идеале так и должно быть, поэтому держите его в изоляции.
Я бы порекомендовал уйти от использования процесса публикации и изучить использование проекта веб-развертывания. Вот запись в блоге ScottGu с подробным описанием VS 2005 веб-проектов развертывания .
Преимущество подхода Web Deployment Project состоит в том, что он предоставляет вам всю мощь и возможности MSbuild, поскольку он действительно просто удобная оболочка для MSBuild. Вот сообщение от команды MSBuild о возможностях до и после сборки
Надеюсь, это поможет.