Предупреждение только потому, что компилятор не знает, является ли это представление вашим пользовательским подклассом. Конечно, во время выполнения это будет работать нормально, так как это будет подкласс. У вас есть два варианта исправить это:
[myView performSelector:@selector(myMethod)];
(поэтому компилятор вообще не проверяет вызов метода)
Или лучше:
[(MyViewClass *)myView myMethod];
Таким образом, компилятор действует так, как будто объект действительно является вашим подклассом представления (после того, как вы выполните проверку, конечно).
В этом отношении, возможно, имеет смысл проверить ваш класс, а не метод:
if ([myView isKindOfClass:[MyViewClass class]]) { ...