Вы задали довольно общий вопрос, поэтому я могу дать только довольно общий ответ.Makefile.am вашего проекта - это то, что automake анализирует для создания файла Makefile.in, который в конечном итоге создает Makefile.Обычно вы можете просто добавить свои пользовательские правила в Makefile.am для большинства случаев (при условии, что это под вашим контролем).Смотрите здесь для более подробной информации или Google Makefile.am