Зависит.Если вы будете использовать Java EE, не беспокойтесь о версиях Hibernate и сосредоточьтесь на JPA 2.0.Hibernate будет просто реализацией для JPA.Если вам действительно нужна какая-то особенность Hibernate, то проверьте, какая у нее версия на основе вашей реализации AS.
Если вы не используете Java EE, то я бы выбрал Hibernate 3.6, если я планирую развернуть свое приложение через несколько месяцев, или я бы использовал 3.5, если я планирую развернуть приложение в рабочей среде в ближайшее времянеделю.
Основная идея заключается в следующем: используйте последнюю версию GA в то время, когда вы что-то запускаете в производство.Таким образом, вы гарантируете, что у вас будет «поддерживаемая» версия в течение длительного времени.
Стоит также отметить, что версии Сообщества не всегда поддерживаются поставщиком.В этом случае вы не получите контракт на поддержку от Red Hat для Hibernate 3.5 или 3.6.Если вам нужна поддержка, вам придется выбирать любые версии, которые они официально поддерживают.