Если вы внимательно посмотрите на эту страницу Settings.app, вы увидите, что она называется «Уведомление». Нет упоминания о локальной / удаленной. Два вида уведомлений на самом деле разработаны, чтобы быть неразличимыми для пользователя. Таким образом, ваши настройки в файле Settings.app влияют на оба типа.
Тем не менее, я также считаю, что вежливо давать людям возможность отключать их в самом приложении. Если на экране настроек моего приложения отключается пользователь, я либо отменяю все предстоящие локальные уведомления, либо поражаю свой сервер каким-либо флагом, отключающим удаленные уведомления для этого пользователя. Я также сохраняю это предпочтение в NSUserDefaults, чтобы оно могло информировать меня о планировании уведомлений и регистрации apn-token-регистраций при следующем запуске.