Есть два шага, чтобы это исправить.
Сначала выясните, что ваш терминал отправляет в emacs. Это можно сделать прямо внутри emacs, нажав C-q, затем комбинацию, которую вы хотите увидеть, скажем C-⇒ или что-то в этом роде.
Тогда в своих .emacs вы можете связать комбинацию с чем угодно. Например, если вы хотите, чтобы C-⇒ переходил к следующему слову, вы можете использовать (global-set-key "<your combination here>" 'forward-word)
. Сделайте то же самое для других привязок.