EF сделал именно то, что вы сказали ему сделать.Удаление элемента из коллекции навигации родительского объекта только удаляет связь между родительским и дочерним объектом.Это означает, что для ResourceId в Ограничении устанавливается только значение null, которое не допускается вашей моделью сущности.
Если ваше Ограничение не может существовать без связанного ресурса, вы должны смоделировать отношение как Идентификация.Это означает, что первичный ключ Restriction будет также содержать столбец ResourceId.Когда вы затем удалите ограничение из коллекции родительских объектов, EF удалит ограничение вместо того, чтобы установить для ResourceId значение null.