Вам следует изменить файл settings.txt, расположенный в App_Data \ Sites \ Default.
В этом файле строка подключения и поставщик хранятся в виде простого текста, например:
Name: Default
DataProvider: SqlServer
DataConnectionString: Data Source=server;Initial Catalog=dbname;User Id=username;Password=password;
Если вы используете SqlCe DataProvider, строка подключения будет нулевой.Измените его на соответствующую строку подключения и измените DataProvider на SqlServer.Как только это будет изменено правильно, вы сможете использовать поставляемый SQL Server.
Для переноса данных из SQL CE я использовал этот плагин VS2010, поскольку вы еще не можете подключиться к этим БДиз коробки: http://visualstudiogallery.msdn.microsoft.com/0e313dfd-be80-4afb-b5e9-6e74d369f7a1/
Надеюсь, это будет вам полезно, так как удаление папки App_Data даст вам гораздо больше работы.