Не уверен, что это именно то, что вы ищете, но вот пример, показывающий один из способов добавить нумерацию уравнений к вашему предыдущему решению.Он включает использование пользовательской среды «myequation» вместо среды «уравнение»:
\documentclass{article}
\newtheorem{theorem}[subsection]{Theorem}
\newenvironment{myequation}
{\setcounter{equation}{\value{subsection}}\begin{equation}}
{\stepcounter{subsection}\end{equation}}
\renewcommand{\theequation}{\mbox{\arabic{section}.\arabic{equation}}}
\begin{document}
\section{My Section}
\subsection{A subsection}
\begin{theorem}adfadfadf
\end{theorem}
\begin{myequation}abcdefg
\end{myequation}
\begin{myequation}abcdefg
\end{myequation}
\subsection{A subsection}
\begin{theorem}adfadfadf
\end{theorem}
\begin{theorem}adfadfadf
\end{theorem}
\begin{myequation}abcdefg
\end{myequation}
\end{document}