Это часто используется, чтобы отличать разные установки одного и того же скрипта друг от друга.
Например, допустим, у вас есть две установки Joomla с различным содержимым на вашем сервере, но только одна база данных MySQL.
Теперь по понятным причинам обе установки Joomla не могут использовать одни и те же таблицы базы данных, так как это приведет к тому, что обе установки отобразят одинаковое содержимое. И вот тут начинается префикс.
Используя разные префиксы таблиц, вы можете сообщить Joomla Installation # 1, что предполагается использовать всю таблицу с префиксом JOS_, а Joomla Installation # 2 должна использовать все таблицы с префиксом JOS2_