Вы можете вызвать приложение CLickOnce, связавшись с манифестом развертывания (файл .application на веб-сервере) (при условии, что оно развернуто через Интернет), И вы можете передать ему параметры запроса, если это приложение доступно только онлайн. Вы также должны иметь опцию в опциях публикации, чтобы разрешить передачу параметров URL в приложение.
Как получить информацию о строке запроса:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms172242(VS.80).aspx
Я думаю, это ваша лучшая ставка. С рабочего стола вы можете запустить приложение, даже если оно находится в автономном режиме, и передать ему параметры, но с веб-сайта, я думаю, это будет работать лучше для вас.