Я понял это. Если кому-то еще интересно, способ сделать это - объявить массив указателей Sprite, например:
Sprite * mySprites[10][10]; // assuming a 10x10 playfield where obstacles get placed
Затем при настройке ваших спрайтов:
mySprites[0][0] = [Sprite spriteWithFile: @"obstacle.png"];
[myLayer add:mySprites[0][0]];
Чтобы удалить Спрайт:
[myLayer remove:mySprites[0][0]];