Если вы хотите использовать перезаписи, убедитесь, что mod_rewrite загружается в ваш conf-файл Apache, и убедитесь, что для параметра AllowOverride установлено значение All или только директивы, которые вы хотите разрешить в .htaccess
Также, как сказал aletzo, вы, вероятно, хотите, чтобы ваш файл cookie покрывал весь ваш домен, поэтому измените домен cookie с www.example.com на example.com.Тогда не будет иметь значения, имеет ли пользователь доступ с префиксом www или в поддомене.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Рад, что вы нашли ответ, который вы искали, но если вам нужно, чтобы filezilla показывал вам .htaccess вбудущее, Сервер -> Принудительно показывать скрытые файлы