Похоже, вам нужен Java 5+ ProcessBuilder .
Быстрый пример (на основе вышеуказанной документации)
Чтобы запустить процесс:
Process p = new ProcessBuilder("sc", "\\some_host_name", "query", "serviceName").start();
Класс Process предоставляет методы для получения потока output (и error) из процесса - это стандартная обработка потока оттуда.
До этого в Java 5 использовался Runtime.exec (). На самом деле я сам не использовал ProcessBuilder в Windows, оставьте комментарий, если у вас есть проблемы?