Для копирования без EOF используйте двоичный режим:
copy /B *.js compiled.js /Y
Если в результирующем файле все еще есть EOF, это могло бы быть из одного из оригинальных файлов,
это можно исправить этим вариантом:
copy /A *.js compiled.js /B /Y
/ A удаляет конечные EOF из исходных файлов, если таковые имеются, и / B предотвращает добавление EOF в результирующий файл. Если EOF не в конце, исходный файл будет усечен в нем. Порядок переключателей важен. Если ты пишешь
copy /A *.js /B compiled.js /Y
- EOF в исходных файлах не будут удалены, но результат EOF не будет добавлен.
Попробуй сам, вот где я это понял. Команды DOS странные.