Единственные люди, которые действительно могут ответить на этот вопрос, работают на Apple, и они не скажут вам.
Я считаю, что MT скомпилирован с нативным кодом таким образом, что невозможно (в пределах разумного) определить, что он не был написан на нативном obj-c.
И я не слышал, чтобы какие-либо приложения MT были отклонены специально за нарушение 3.1.3.