Сначала отмените поэтапное добавление для перемещенного вручную файла:
$ git reset path/to/newfile
$ mv path/to/newfile path/to/oldfile
Затем используйте Git для перемещения файла:
$ git mv path/to/oldfile path/to/newfile
Конечно, если вы уже зафиксировалиручное перемещение, вы можете вместо этого сбросить ревизию до перемещения, а затем просто git mv
оттуда.