Самый верный путь к обновлению - это «параллельная» установка: Helios Eclipse рядом с уже имеющимся у вас Galileo.
Что касается ваших настроек, вам просто нужно сослаться на одно и то же рабочее пространство.
В вашем eclipse.ini укажите, где находится ваше рабочее пространство, и вы вернете все свои проекты, рабочие пространства и перспективы так же, как вы их оставили.
Плагины сложнее, и я бы порекомендовал:
На вашем общем пути dropins у вас будет:
my-eclipse-galileo-plugins
eclipse
features
plugins
, и вы скопируете все дополнительные плагины и функции, добавленные после установки вашего экземпляра Eclipse Galileo:
/path/to/galileo
eclipse
features
plugins