Полагаю, вы спрашиваете о рекомендациях, а не о том, какие модули доступны ...
Лично я в основном использую Mayavi / Mlab / TVTK .По сути это интерфейс более высокого уровня для VTK .Он доступен под лицензией в стиле BSD (если я правильно помню ...), поэтому он должен свободно распространяться.Если вы визуализируете научные данные, это отличный выбор.
Для более простых 3D-графиков, Axes3D для matplotlib довольно хорош.Взгляните на примеры 3D (внизу) на странице галереи matplotlib .Тем не менее, он не очень подходит для визуализации объемных данных или более сложных поверхностей.
Естественно, это не единственные варианты, но я рекомендую именно их.
Если вы хотите перейти на более низкий уровень, всегда есть PyOpenGL .
В любом случае, надеюсь, это укажет вам правильное направление ...