Это зависит от вас. В языке нет правила, которое гласит, что если все дочерние элементы элемента допускают нуль, то родительский элемент также должен быть нулевым. Но это может быть дизайнерская практика, которой вы захотите следовать. Это зависит от того, почему вы используете xsi: nil. Лично я никогда не сталкивался с ситуацией, в которой мне показалось бы, что это удаленно полезно - позволить пустому элементу и его отсутствию уже дает два способа обработки отсутствующих данных, и я не вижу необходимости в третьем.