Вы можете использовать API Profiler для программного добавления меток. См. Документацию по методу DataCollection.CommentMarkProfile на MSDN .
Вам просто нужно добавить ссылку на Microsoft.VisualStudio.Profiler.dll из «Program Files [x86] \ Microsoft Visual Studio 9.0 \ Team Tools \ Performance Tools», чтобы использовать управляемый API.
Ваш тестовый код может выглядеть примерно так:
MarkOperationResult result;
result = DataCollection.CommentMarkProfile(markID1, "BeginWork");
// Validate result...
SomeOperation();
result = DataCollection.CommentMarkProfile(markID2, "EndWork");
// Validate result...