Переход от комментария к ответу, так что ответ может быть помечен для дальнейшего использования
Не уверен, поможет ли это, но я столкнулся с этой проблемой при обновлении до .NET 4. Человек, который управлял сайтом до меня, использовал диспетчер IIS для настройки параметров и добавил ссылки на .NET 3.5 в web.config. Удаление всех ссылок / сборок, связанных с 3.5 и ниже, решило проблему.