Я использую обе платформы одновременно в разных проектах, у них много общих функций, сопоставленных с одинаковыми ярлыками, и вам действительно понадобится всего несколько часов практики, чтобы быть очень продуктивными в одной после перехода на другую.
Преимущества Netbeans заключаются в том, что она кажется более отлаженной платформой, и я использую ее для всех "прямых" разработок.
Eclipse имеет более широкий диапазон плагинов, и я использую eclipse, где мне нужен какой-то конкретный плагин,Иногда он кажется немного нестабильным, и некоторые плагины кажутся экспериментальными, но ядро отлично.