Для рисования вам не нужна «полная» библиотека flex, flex в основном предоставит вам хороший набор компонентов GUI и несколько способов легкой интеграции с вашим внутренним сервером.
Если вы просто хотите что-то нарисовать, проверьте объект Graphics http://livedocs.adobe.com/flex/3/langref/flash/display/Graphics.html - он работает аналогично объекту java Graphics.
Если вы хотите изменить изображение, загруженное пользователем, вы, конечно, уже на сервере (потому что изображение было загружено) - однако новый флеш-плеер (версия 10) также позволяет некоторые манипуляции с локальными данными, так что может даже оказаться возможным показать измененное изображение, которое даже не было загружено, см., например, http://www.mikechambers.com/blog/2008/08/20/reading-and-writing-local-files-in-flash-player-10/.
Flex / AS3 будет казаться немного странным для программиста java - его части очень просты, а другие будут разочарованы, поддержка инструментов хуже, медленный компилятор, нет поддержки запуска юнит-тестов без прыжков не начинай меня ...). Но как платформа для развертывания я должен сказать, что мне это очень нравится.