Нет способа переименовать этот каталог, используя стандартные параметры конфигурации Mercurial. Если вы работаете в Unix, и я предполагаю, что если .hg звучит скрытно, вы можете использовать сценарий предварительного резервного копирования (или задание cron), чтобы сделать снимок, используя cp -al, во что-то с другим именем. Использование -l дает вам жесткие ссылки, поэтому на самом деле он не займет лишнего диска.
Однако большинство людей создает резервные копии своих .hg репозиториев с push на другом сервере Mercurial, который также может быть легко написан на скрипте.