1) Цифровая подпись MSI перед отправкой, как предлагали другие (здесь используется сертификат подписи кода Verisign)
2) Если клиент редактировал, посоветуйте ему использовать Orca для создания преобразования, а не редактировать MSI напрямую. Таким образом, оригинальная подпись будет по-прежнему действительна
3) Если ваши парни редактировали, наденьте их на запястье и подайте в отставку MSI.
4) Используйте MSIEXEC из командной строки вместо двойного щелчка, AFAIK запрос проверки запускается Windows Explorer, так что это обходит проблему.