Я думаю, что эти шаги должны помочь вам сделать то, что вы ищете.
Чтобы исключить элемент из проекта развертывания:
В обозревателе решений выберите файл, который вы хотите исключить.
На панели инструментов Solution Explorer выберите Свойства.
В окне свойств установите для свойства Exclude значение True.
На этой странице описаны действия для файлов проекта, поддерживаемых VS 2010:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/0ebzhwsk.aspx
--- Редактировать ---
На работе я попытался «Исключить из проекта» в одном из файлов проекта, имеющегося в VS 2010, который связан с сервером TFS 2010, и это действие не удаляло элемент из TFS; в окне Source Control Explorer отображается красная метка удаления рядом с элементом, а в столбце «Ожидающие изменения» указано удаление, но элемент есть. Щелкните правой кнопкой мыши по элементу в окне Source Control Explorer, одна из всплывающих команд в контекстном меню - «Регистрация в ожидании изменений», а другая - «Ожидание изменений в полке». Стеллаж позволяет отложить ожидающие изменения.
Файл все еще находится на локальном жестком диске. Если я сделаю «Включить в проект», элемент вернется в нормальное состояние.