Правильно сделать так, чтобы оба сценария выполнялись в одной группе процессов . Тогда они оба получат сигнал SIGINT при нажатии Ctrl-C.
Из того, что вы говорите, по какой-то причине они попали в разные группы процессов. Это может произойти, если оболочка, которая выполняет сценарий A, считает, что она (оболочка) является интерактивной. Трудно сказать больше из вашего описания - не стесняйтесь вставить некоторый пример кода (и опишите, как вы запускаете сценарии), и мы посмотрим.