Самый простой способ - никогда не использовать XMLInputFactory.createInstance () (и то же самое для XMLOutputFactory).
Скорее используйте явные конструкторы - цель этих методов обнаружения хороша, но, к сожалению, они, как мне кажется, доставляют больше хлопот, чем пользы.
Чтобы уменьшить явные зависимости от непосредственного использования конструкторов, вероятно, лучше использовать библиотеку внедрения зависимостей, такую как Guice (Spring и другие тоже так сделают), чтобы создание экземпляров происходило только в одном месте.
Это будет работать для вашей части проекта, но не решит проблему Axis2. Я подозреваю, что есть настройка для Axis2, но я не знаю, что это будет за руку.