вместо прямой установки точки останова, вы можете использовать
<% System.Diagnostics.Debugger.Break();
// more code here...
%>
Возможно, лучшее предложение - не помещать встроенный код в разметку - вместо этого поместите его в метод в файле code-behind, а затем вызовите этот метод из вашей разметки. В своем методе в коде вы можете использовать точки останова, как обычно.