Ну, вы всегда можете использовать метод продюсера и решить, какую реализацию создать, основываясь на вашей конфигурации. Помните, что в CDI количество xml сведено к минимуму.
Итак, что-то вроде:
@Produces
public Component createComponent() {
if (configuration.isSomething()) {
return new ComponentImpl1();
} else {
return new ComponentImpl2();
}
}