У меня тоже были проблемы с этим, и Google взял меня сюда.Решения не сработали.Моя проблема заключалась в том, что когда я добавил свой апстрим, он настроил мой git config только для выборки master, а не для всех ветвей.Например, это выглядело так:
[remote "somebody"]
url = git@github.com:somebodys/repo.git
fetch = +refs/heads/master:refs/remotes/upstream/master
Редактирование .git / config следующим образом решило мою проблему
[remote "somebody"]
url = git@github.com:somebodys/repo.git
fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/upstream/*