Вы можете попробовать mysqlcheck . Ваши конкретные требования могут отличаться, поэтому проверьте документы, но что-то в этом роде может помочь:
mysqlcheck -u root -p <dbname> --auto-repair --check --optimize --databases
Флаг --optimize
, пожалуй, самый важный в вашем случае. Обязательно обратите внимание на комментарии в первом абзаце документации о блокировках, которые помещаются в таблицы во время выполнения этой команды.