Просто удалите $
из регулярного выражения, и все, что после идентификационного номера будет проигнорировано, и URL будет переписан правильно.
RewriteRule ^(.*?)\/? index.php?u=$1 [L]
# the following will work the same (as far as I can tell), and
# it's a lot more obvious at first glance what it does, which is
# match everything until the first slash
RewriteRule ^([^/]+) ...
Когда я делаю что-то подобное, мне нравится проверять URL в коде и перенаправлять 301, если «Anything-I-want-here» не соответствует данным.