Если вы не хотите, чтобы system запускала команды оболочки, не используйте system
, потому что это то, что нужно сделать.
Если вы говорите о запуске только тех команд, которые вы хотите выполнить, есть несколько способов обойти это. О некоторых из них я рассказываю в главе Mastering Perl по безопасности. Однако вам нужно будет уточнить, каких проблем вы пытаетесь избежать.