Что-то вроде этого я не проверял
получить среду
EnvDTE80.DTE2 pEnv = null;
Type myType = Type.GetTypeFromProgID("VisualStudio.DTE.8.0");
pEnv = (EnvDTE80.DTE2)Activator.CreateInstance(myType, true);
получить решение.
Solution2 pSolution = (Solution2)pEnv.VS.Solution;
получить проект, который вам нужен1009 *
Project pProject = pSolution.Projects[0];
добавить ссылку
pProject.References.Add(string referenceFilePath);