Если я вас правильно понял (и это большое предположение) ...
Таблица классов -> Таблица Class_Student_Junction <- Таблица учеников </p>
Мне кажется, вам нужно сделать это в два этапа. Проблема в моем разуме - это таблица соединений, которую вы создали, которая имеет ограничения. Не помещая это в код, я бы сказал ...
Шаг 1: Запишите ключ класса, который вы хотите удалить
Шаг 2: Удалить все из соединительных таблиц, где внешний ключ для классов равен классу из шага 1.
Шаг 3: Удалить запись класса из таблицы Classes. В этом порядке не должно быть ключевых нарушений.