Есть несколько вариантов, но они зависят от того, какой установщик вы использовали в первую очередь.
С Inno Setup это очень просто, так как (если элементы файла настроены правильно) InnoSetup обнаружит, что приложение уже установлено, и скопирует только измененные файлы, даже если вы опубликуете всю установку. Это будет автоматически.
Если вы использовали встроенный проект установки Visual Studio, это также возможно, но вы должны установить другой «идентификатор обновления» в свойствах установки. Я пока мало с этим работал.
Третий вариант - использование установщика Windows XML (WIX), который может генерировать установщики исправлений, но я пока мало работал с WIX.
Один из последних вариантов - написать что-то самостоятельно, способное обмениваться старыми файлами с новыми, но вам придется помнить об UAC для более новых версий Windows.